I chicchi di caffè vengono privati della polpa e separati dalle impurità secondo due metodi alternativi: a secco o a umido.
Nel procedimento a secco i frutti vengono distesi a seccare al sole oppure in essiccatoi. Vengono poi setacciati, spolpati e passati nuovamente in setacci che permettono di separare i chicchi dalle impurità.
Il procedimento a umido è più costoso ma produce i caffè detti "lavados" o "lavati", più prestigiosi dei caffè "corrientes" o "naturali" prodotti con il metodo a secco.
Consiste nel convogliare l'acqua in canali di scorrimento dove i frutti vengono trascinati e fatti passare attraverso setacci che ne asportano il guscio.
Successivamente vengono posti per quasi due giorni in pile di fermentazione dove continui lavaggi ne asportano lo strato zuccherino.
I chicchi così ottenuti vengono seccati al sole o artificialmente, e liberati da eventuali residui.